中国学所下设中国学史研究室、历史中国研究室、当代中国研究室、中国与世界研究室、上海与江南研究室、编译室、办公室、论坛办。

中国学史研究室：以梳理和反思域外中国学知识体系的形成过程为中心，着力勾勒域外中国学学术资源的地缘网络变迁，考察域外中国研究的典范转移及其背后的成因，并综合评估世界范围内研究中国的实力格局。成员：褚艳红

历史中国研究室：当下中国是历史中国演变而来，不了解历史中国，不了解中国历史潜在的种种可能性，就不可能深入地理解现代中国和当下中国。本研究方向致力于探究历史中国的疆域、国家和族群，以及在漫长历史中形成的中国经验、中国法度、中国特色和中国之道，进而破解中华文明日新又新、生生不息的内在奥秘。负责人：周武，成员：潘玮琳

当代中国研究室：当代中国正在进行人类历史上前所未有的深刻变革，这一变革不仅改变了中国，而且越来越深刻地影响了世界，以及世界的中国认知。本研究方向重点关注海外对中国共产党的研究和中国道路的研究，通过跟踪、梳理、比较和融汇研究，为国内相关领域的研究提供镜鉴，并引领和促进中外学界对当代中国问题的研究与讨论。负责人：乔兆红，成员：胡筱秀、胡冯彬

中国与世界研究室：本研究方向从人类社会工业化、现代化的视角，研究西方发展模式与中国发展道路的各自特点，汲取海外研究中国国家治理和全球治理理念与实践的养料，探索中国与世界相互依存、相互作用对构建“人类命运共同体”的意义。负责人：王震，成员：盛文沁、顾鸿雁

上海与江南研究室：江南是传统中国的精华区域，也是中国迈向现代的先行区域，长期以来倍受海内外中国研究学界关注，相关研究底蕴深厚，成就最卓著。本研究方向拟在已有研究的基础上，致力于探索上海与江南的互动关系，以及江南区域共同体的形成及其现当代变迁，一方面促进相关研究的中外学术对话，另一方面为上海全球城市建设和长三角都市群的构建提供学术支撑。

编译室研究室：编辑所刊和译介海外学术名著。负责人：梅俊杰，成员：张焮（兼）

办公室：负责研究所科研、人事、外事、财务、固定资产等行政管理工作。成员：王圣佳、樊慧慧、张焮

论坛办：负责世界中国学、青年汉学家培训班的组织筹备工作。成员：王圣佳（兼）、樊慧慧（兼）、潘玮琳（兼）、高莹莹